一是难以取得可抵扣增值税发票。建设项目一般建设周期长、流动性大、建设面积广、建材品种丰富，很多建材都是本地采购，在一些环节往往存在区域垄断。这些供应商中有许多是个体户、小规模纳税人，他们甚至无法开具法律账单。同时，在建设项目中，施工单位向施工单位提供材料和动力，扣减工程款的情况也很普遍，而购买的原始发票属于施工单位。因此，建筑企业将无法获得有效的可抵扣增值税专用发票;二是进项抵扣不足，如商品混凝土可以简单征税，适用的3%税率抵扣不足，进口税率与销售税率相差较大;三是发票专项扣除不及时。根据增值税法规定，凭车票抵扣的增值税进项税额，抵扣时间不得超过180天。在实际的建筑业中，由于施工单位与施工单位材料供应商之间拖欠付款，付款的结算期限难以掌握，无法及时取得可抵扣增值税专用发票;四是，名称不一致，不能扣减，如建筑业普遍存在跨区域经营，许多建筑业务由建筑企业施工分公司承担或实施，设备材料由分公司采购，且企业取得的增值税专用发票与企业法人名称不一致，致使建筑业分公司取得的专用发票不能抵扣;五是成本构成中的劳务成本、融资利息等不能抵扣进项税额在建设项目中，人工成本占项目总成本的20%-30%。同时，建筑业保证金、押金等垫资产生的利息、融资咨询费、手续费、咨询费等费用不得扣除。这些都会影响企业的税负。

鉴于此，企业必须建立增值税专用发票的获取和扣除概念，最大限度地实现合法有效的收购和及时足额扣减，提高扣减率。要加强源头控制，从物资采购环节入手，尽量选择有一定信誉、能提供增值税专用发票且在行业内口碑良好的供应商。对于甲方提供的材料，建议由甲方、总承包方和供应商签订三方协议。供方应向总承包方提供可抵扣进项税发票，总承包方应向甲方开具同金额发票作为工程款的一部分，以大大减轻企业税负。

在建筑业，以增值税代替营业税，不仅改变了纳税方式和财务核算方式，而且从招投标、采购、财务、销售等各个环节对企业产生了一系列的连锁效应，进一步给产业链生态带来深刻变化。表现在：一是项目预算编制复杂。用增值税代替营业税后，企业的税负是不确定的，因为企业无法在预算时确定哪些物料可以取得增值税专用发票。这使得预算更加复杂，对预算人员提出了更高的要求;二是发票管理风险加大：营业税被增值税取代后，建筑业下游企业(如，房地产业需要上游建筑业开具增值税专用发票抵扣，这就迫使建筑业向能够提供增值税专用发票的材料供应商倾斜。今后，建筑企业与下游合作企业将在甲方供货、税负等问题上长期博弈;建筑业存在假发票、假发票，达到避税目的。同时，建筑业关联经营现象比较普遍。关联方施工企业提供施工资质，按一定比例收取管理费，不参与关联方项目的经营活动。如果关联方虚开发票逃税，违法责任仍属于关联方。三是强化财务会计责任。以增值税代替营业税后，财务人员面临着新旧税制衔接、税收政策变化、会计核算方式转变、业务处理方式转变、税收核算等问题。如果财务人员不提高业务素质，不认真研究税收政策，不熟悉增值税会计，很可能造成财务会计不符合规定、纳税申报不准确等风险。

因此，企业应以新的税收政策为契机，有效防范税收风险。一要统筹规划，规范操作。根据新的税收政策，对公司物资设备采购、工程招标、工程预结算、产品工程销售等环节进行合理的税收筹划，尽量与能够提供增值税专用发票的供应商合作，争取更充分的抵扣，二是加强发票特别是特种发票的管理，严格执行国家发票管理规定，确保特种发票的真实性和进项扣除发票的合法性，有效防止虚假发票。三是加强财务管理，提高会计核算水平。增值税政策性强、复杂，财务会计要求高。加强会计核算和财务管理，严格执行财务制度、政策法规等，确保会计核算全面、真实、合理、合法，最大限度地利用增值税代替营业税。